Theo Quyết định, việc áp dụng Bộ Chỉ số phải phù hợp với chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước về phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực. Các nội dung của Bộ Chỉ số được áp dụng đầy đủ, đồng bộ, bảo đảm độc lập, khách quan, chính xác, trung thực, công khai, minh bạch, khoa học và phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của từng cơ quan, tổ chức, đơn vị.
Bộ Chỉ số gồm ba nhóm tiêu chí: nhóm tiêu chí tính điểm, nhóm tiêu chí điểm trừ và nhóm tiêu chí điểm cộng. Trong đó, nhóm tiêu chí tính điểm tập trung vào bốn nội dung gồm xây dựng, hoàn thiện chính sách, pháp luật; thực hiện các biện pháp phòng ngừa; phát hiện; xử lý tham nhũng, lãng phí, tiêu cực và thu hồi tài sản.
Đối với xây dựng, hoàn thiện chính sách, pháp luật, các tiêu chí đánh giá tập trung vào công tác lãnh đạo, chỉ đạo; kiểm tra, rà soát, hệ thống hóa văn bản quy phạm pháp luật; phổ biến, giáo dục pháp luật và theo dõi thi hành pháp luật về phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực.
Nhóm tiêu chí về phòng ngừa đánh giá kết quả thực hiện công khai, minh bạch, kiểm soát xung đột lợi ích, định mức, tiêu chuẩn, chế độ, quy tắc ứng xử, chuyển đổi vị trí công tác, cải cách hành chính, ứng dụng khoa học, công nghệ và chuyển đổi số trong quản lý. Việc thanh toán không dùng tiền mặt, kiểm soát tài sản, thu nhập, thực hiện trách nhiệm của người đứng đầu và cập nhật cơ sở dữ liệu quốc gia về tiết kiệm, chống lãng phí cũng được đưa vào đánh giá.
Về phát hiện, Bộ Chỉ số đánh giá kết quả phát hiện tham nhũng, lãng phí, tiêu cực qua giám sát, thanh tra, kiểm tra; qua phản ánh, tố cáo, báo cáo về hành vi vi phạm và qua hoạt động điều tra. Đối với xử lý và thu hồi tài sản, các tiêu chí tập trung vào xử lý trách nhiệm người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu để xảy ra tham nhũng, lãng phí, tiêu cực; xử lý kỷ luật, xử phạt hành chính; thực hiện kiến nghị của cơ quan kiểm tra, giám sát, thanh tra, kiểm toán, điều tra, truy tố, xét xử; xử lý hình sự và thu hồi tài sản.
Bộ Chỉ số cũng quy định các trường hợp bị trừ điểm, trong đó có không thực hiện hoặc chậm nộp báo cáo công tác, báo cáo tự đánh giá; cung cấp thông tin, hồ sơ, tài liệu minh chứng không chính xác; báo cáo không có tham nhũng, lãng phí, tiêu cực nhưng cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện vi phạm. Người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu cơ quan cấp bộ, cấp tỉnh, cấp xã bị xử lý do tham nhũng, lãng phí, tiêu cực được cơ quan ngoài cấp tương ứng phát hiện cũng thuộc trường hợp bị trừ điểm.
Ngược lại, các trường hợp được cộng điểm gồm thu hồi tài sản tham nhũng, lãng phí, tiêu cực vượt chỉ tiêu được giao; chủ động kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý hành vi vi phạm; chủ động kiến nghị biện pháp ngăn chặn tẩu tán tài sản. Việc phát hiện tham nhũng, lãng phí, tiêu cực qua hoạt động điều tra của các cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra trực thuộc Bộ Tài chính, Bộ Nông nghiệp và Môi trường cũng được tính điểm cộng.
Đối với cấp bộ, ngoài các tiêu chí chung, Bộ Chỉ số có tiêu chí đặc thù về phòng ngừa tham nhũng trong doanh nghiệp, tổ chức khu vực ngoài nhà nước áp dụng đối với Bộ Tài chính, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, Bộ Nội vụ và Thanh tra Chính phủ. Việc phát hiện qua thanh tra áp dụng đối với các bộ có chức năng thanh tra; phát hiện qua điều tra áp dụng đối với Bộ Công an, Bộ Quốc phòng. Tiêu chí thu hồi tài sản tham nhũng bằng biện pháp tư pháp áp dụng đối với Bộ Công an, Bộ Quốc phòng và Bộ Tư pháp.
Đối với cấp tỉnh, tiêu chí đặc thù tập trung đánh giá kết quả hướng dẫn thực hiện các biện pháp phòng ngừa tham nhũng trong doanh nghiệp, tổ chức khu vực ngoài nhà nước, gồm xây dựng và thực hiện quy tắc ứng xử, cơ chế kiểm soát nội bộ, công khai, minh bạch, kiểm soát xung đột lợi ích và thực hiện trách nhiệm của người đứng đầu.
Bộ Chỉ số được đánh giá theo thang điểm 100. Tổng điểm được xác định bằng điểm của nhóm tiêu chí tính điểm cộng với điểm của nhóm tiêu chí điểm cộng và trừ đi điểm của nhóm tiêu chí điểm trừ. Trường hợp tổng điểm vượt quá 100 thì xác định ở mức 100 điểm.
Kết quả đánh giá được xếp thứ tự từ cao xuống thấp, chia thành hai khối gồm khối bộ và khối địa phương. Quyết định số 47/2026/QĐ-TTg có hiệu lực thi hành từ ngày 30/9/2026.
